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De Novo-Proteinsequenzierung Die De Novo-Sequenzierung von Proteinen ist ein Verfahren zur Bestimmung der Aminosäuresequenz, wenn keine Vorkenntnisse hinsichtlich der DNA- oder Proteinsequenz vorliegen. Diese Methode unterscheidet sich von der Sequenzierung von Proteinen mit bekannter Protein- bzw. DNA-Sequenz, mit der die korrekte Sequenz lediglich bestätigt wird.

Unsere De Novo-Sequenzierungen von Proteinen werden mit MS/MS durchgeführt. Bei dieser Methode werden intakte Peptide in einem Massenspektrometer in Fragmente gespalten und strukturelle Informationen über die so entstandenen Fragment-Ionen gesammelt. Zusätzlich oder alternativ kann auch eine N-terminale Sequenzierung durchgeführt werden. Bei dieser Methode werden Aminosäuren dem Edman-Abbau unterworfen und nacheinander vom Aminoende des Peptids abgespalten.

Die De Novo-Sequenzierung wird zur Identifizierung von unbekannten Proteinen im Bereich der Proteomik angewendet. Eine weitere wichtige Anwendung ist die Charakterisierung von variablen Antikörperregionen.

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